十二生肖源于何时，今已难于细考。十二生肖的起源与动物崇拜有关。据湖北云梦睡虎地和甘肃天水放马滩出土的秦简可知，先秦时期即有比较完整的生肖系统存在。最早记载与现代相同的十二生肖的传世文献是东汉王充的《论衡》。所以长期以来，不少人将《论衡》视为最早记载十二生肖的文献。
       1975年12月，湖北云梦睡虎地发掘两批秦代竹简，其中有关“盗者”的内容：“子，鼠也，盗者锐口，稀须，……丑，牛也，盗者大鼻长颈，……寅，虎也，盗者状，希须 ，面有黑焉。卯，兔也，盗者大面头。辰，盗者男子，青赤色……巳，虫也 ，盗者长而黑蛇目。午，鹿也，盗者长颈小哘，其身不全。……未，马也，盗者长须耳。申，环也，盗者圆面……酉，水也……戌，老羊也……亥，豕也。” 
       上述与现代生肖次第基本相同，但辰未写生肖；午对鹿；未对马；戌对老羊。
       1986年4月，甘肃天水放马滩秦代墓葬出土甲、乙两种《日书》竹简，年代与睡虎地秦简相近。甲种竹简也有盗者的记录：子，鼠矣。丑，牛矣。寅，虎矣。卯，兔矣。辰，虫矣。巳，鸡矣。午，马矣。未，羊矣。申，猴矣。酉，鸡矣。戌，犬矣。亥，豕矣。
        该记录生肖与地支的对应关系与现代相比，除“辰虫巳鸡”外，其余完全相同。
       《诗经·小雅》载“吉日庚午，即差我马”，反映午马相对。但学者指出，秦简的午对应鹿而非马，午马不过是巧合。
        最早完整记录十二生肖且与今相同的是东汉王充的《论衡》。《论衡》卷三《物势篇》：”寅木也，其禽虎也；戌土也，其禽犬也；丑未亦土也，丑禽牛，未禽羊也。木胜土，故犬与牛羊为虎所服也。亥水也，其禽豕也；巳火也，其禽蛇也；子亦水也，其禽鼠也；午亦火也，其禽马也……午马也，子鼠也，酉鸡也，卯兔也。水胜火，鼠何不逐马？金胜木，鸡何不啄兔？ 亥豕也，未羊也，丑牛也。土胜水，牛羊何不杀豕？巳蛇也，申猴也。火胜金，蛇何不食猕猴？“
         同书卷二三《言毒篇》则云：
”辰为龙，巳为蛇，辰巳之位在东南。龙有毒，蛇有蜇，故蝮有利牙，龙有逆鳞。木生火，火为毒，故苍龙之兽含火星。“
        可见，最迟在东汉十二生肖已全部定型。
结语：十二生肖源于何时，不好确定。目前大多数人认为最晚起源于东汉，《论衡》被视为最早记载十二生肖的文献。